Според обичайната класификация на ендокринните условия, специфични диагностични и терапевтични подходи и състав на необходимите мултидисциплинарни екипи, в рамките на Endo-ERN са определени осем установени основни тематични групи (MTG). Тези MTGs са орган и/или физиология, които покриват грижите през целия жизнен цикъл на пациентите и покриват общия спектър на вродени и придобити състояния. MTGs са:

• MTG1 Надбъбречна жлеза
• MTG2 Нарушения при калциевата и фосфатна хомеостаза
• MTG3 Генетични нарушения на глюкозната и инсулинова хомеостаза
• MTG4 Генетични ендокринни туморни синдроми
• MTG5 Синдроми на растежа и генетичното затлъстяване
• MTG6 Хипофиза
• MTG7 Полово развитие и Съзряване
• MTG8 Щитовидна жлеза

В рамките на MTGs са определени няколко подтематични групи въз основа на наличието на хормонално свръхпроизводство, недостатъчност, резистентност и/или туморния растеж.

С тези подтематични групи, Endo-ERN предвижда да бъде в състояние да отговори на специфичните за заболяването условия, които не са удовлетворени, и високо специализирани интервенции, необходими за пациенти със свързани състояния.